Van Bommel se narodil 22. dubna v Maasbrachtu a zde také jako dítě směřuje v 6 letech do fotbalového světa,když jde hrát za místní tým RKVV. Už v 15 letech si jeho talentu všímají ve Fortuně Sittard a první stěhování je na světě. Ve Fortuně působí do svých 22 let, poté přichází Van Bommelův přestup do slavného PSV Eindhoven. S PSV získává tři mistrovské tituly, dostává se do reprezentace a v letech 2001 a 2005 dokonce získává titul pro nejlepšího hráče Nizozemska. Ve své poslední sezoně za PSV se dokázal dostat s týmem až do semifinále Ligy mistrů, kde PSV vystavuje stop AC Milán. Svými kvalitami si Mark vysluhuje angažmá v Barceloně, kam odchází jako volný hráč. Ve své jediné sezoně v Barceloně vyhrává téměř vše, co se dá – Ligu mistrů a španělskou La Primeru. V létě 2006 odchází Van Bommel do Bayeru Mnichov za 6 milionů eur a postupem času se stává klíčovou osobností týmu a jako první hráč neněmecké národnosti se stává kapitánem bavorského velkoklubu. V zimě 2011 pro leckoho překvapivě mění působiště a přestupuje do AC Milán.